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Run: SRR14801720
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Run ID: SRR14801720

Sample name:

Date: 03-04-2023 11:59:16

Number of reads: 1529840

Percentage reads mapped: 84.27

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761127 p.Ser441Ala missense_variant 0.12 rifampicin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
fgd1 490756 c.-27T>G upstream_gene_variant 0.19
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.32
mshA 576113 p.Arg256Gly missense_variant 0.25
rpoB 761126 c.1320G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761150 c.1344A>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764353 c.984G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764365 c.996C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764380 c.1011G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764387 c.1018T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764398 c.1029G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764593 c.1224C>A synonymous_variant 0.12
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.11
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764660 p.Val431Ile missense_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472507 n.662C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472571 n.726G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472606 n.761C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472623 n.778A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472645 n.800G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472660 n.815T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472666 n.821G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472674 n.829T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472694 n.849C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472714 n.869A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472993 n.1148G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473097 n.1252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473134 n.1289T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473147 n.1302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473269 n.1424C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473320 n.1475G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473324 n.1479G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170065 p.Ala183Gly missense_variant 0.25
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339734 p.Ala206Gly missense_variant 0.38
rpoA 3878597 c.-90G>C upstream_gene_variant 0.31
rpoA 3878613 c.-106A>C upstream_gene_variant 0.15
rpoA 3878641 c.-134C>G upstream_gene_variant 0.46
embC 4239930 p.Gly23Glu missense_variant 1.0
embC 4240409 p.Pro183Ala missense_variant 0.28
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0