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Run: SRR21728339
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Run ID: SRR21728339

Sample name:

Date: 04-04-2023 03:21:21

Number of reads: 688974

Percentage reads mapped: 33.11

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97 streptomycin
gid 4407851 c.351delG frameshift_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5139 c.-101C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762769 p.Pro988His missense_variant 0.12
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302988 p.Gln20Lys missense_variant 0.15
fbiC 1305494 c.2565_*55delGGCCTAGCCCCGGCGACGATGCCGGGTCGCGGGATGCGGCCCGTTGAGGAGCGGGGCAATCT frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 0.22
Rv1258c 1406196 p.Ala382Val missense_variant 0.12
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471878 n.33C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472101 n.256G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472262 n.417C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472415 n.570T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472543 n.699_700delCA non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472596 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472614 n.769G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472826 n.981G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472837 n.992_993insTTTG non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472858 n.1013_1014insA non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472861 n.1016G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472867 n.1022T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472876 n.1031G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473054 n.1209C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473083 n.1238G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473110 n.1265T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473115 n.1270G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473128 n.1283C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473281 n.1436C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473291 n.1446G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473296 n.1451G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473297 n.1452G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1473447 n.-211G>T upstream_gene_variant 0.25
rrl 1474233 n.576C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474903 n.1246T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475150 n.1493C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475235 n.1578C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475552 n.1895G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475574 n.1917C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475782 n.2125T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475877 n.2220C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476213 n.2556G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476268 n.2611A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476275 n.2618T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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