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Run: SRR6045986
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Run ID: SRR6045986

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:08:53

Number of reads: 1247124

Percentage reads mapped: 54.71

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8131 p.Gln277Arg missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473502 n.-156T>C upstream_gene_variant 0.11
rrl 1473916 n.259C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475751 n.2094C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475752 n.2095C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475776 n.2119G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476032 n.2375C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1476040 n.2383C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476045 n.2388G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476047 n.2390G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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