Run ID: SRR7131053
Sample name:
Date: 04-04-2023 18:43:36
Number of reads: 4976174
Percentage reads mapped: 99.99
Strain: lineage2.2.1
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage2 | East-Asian | Beijing | RD105 | 1.0 |
lineage2.2 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD207 | RD105;RD207 | 1.0 |
lineage2.2.1 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD181 | RD105;RD207;RD181 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
mshA | 576108 | p.Ala254Gly | missense_variant | 0.19 |
mshA | 576453 | p.Val369Gly | missense_variant | 0.16 |
mshA | 576456 | p.Val370Gly | missense_variant | 0.28 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 765140 | p.Glu591Gln | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
mmpS5 | 779615 | c.-710C>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471896 | n.51T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1471900 | n.55C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472151 | n.306C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472164 | n.319G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1472177 | n.332C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472214 | n.369C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1472225 | n.380C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472235 | n.390G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472240 | n.395G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472242 | n.397C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472259 | n.414C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472333 | n.488G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472344 | n.499C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1472349 | n.504A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472374 | n.529T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472378 | n.533G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472379 | n.534T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472382 | n.537G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472389 | n.544G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1472390 | n.545T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472391 | n.546C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472396 | n.551A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472400 | n.555C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472507 | n.662C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1472517 | n.672T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472518 | n.673G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1472558 | n.713G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1472569 | n.724G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472579 | n.734G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1472580 | n.735C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472658 | n.813G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472661 | n.816A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472675 | n.830T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472690 | n.845C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472697 | n.852T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472754 | n.909G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472827 | n.982G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472828 | n.983T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrs | 1472887 | n.1042G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472936 | n.1091C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473044 | n.1199C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473051 | n.1206T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473053 | n.1208T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473062 | n.1217T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473068 | n.1223A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1473080 | n.1235C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473192 | n.1347A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrs | 1473205 | n.1360T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1473352 | n.1507C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1473833 | n.176_177insT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1473845 | n.188G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1474218 | n.561T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1474228 | n.571T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1474249 | n.592G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1474252 | n.595T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1474760 | n.1103A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1474780 | n.1123C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474802 | n.1145T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1474823 | n.1166C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474827 | n.1170C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1474830 | n.1173A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474831 | n.1174A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1474864 | n.1207C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1474904 | n.1247G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1475526 | n.1869C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1475539 | n.1882A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1475545 | n.1888T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1475549 | n.1892T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1475783 | n.2126T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1475785 | n.2128A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 |
rrl | 1475791 | n.2134A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1475803 | n.2146T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1475804 | n.2147G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1475816 | n.2159C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrl | 1475817 | n.2160A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrl | 1475858 | n.2201T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475866 | n.2209T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475869 | n.2212C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475881 | n.2224T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1475883 | n.2226A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1475884 | n.2227A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475898 | n.2241A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1475899 | n.2242G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1475916 | n.2259C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1475937 | n.2280A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1475943 | n.2286G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1475952 | n.2295A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1475988 | n.2331A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1476194 | n.2537A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476200 | n.2543A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476201 | n.2544C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476250 | n.2593C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476251 | n.2594T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476257 | n.2600G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1476280 | n.2623A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476293 | n.2636C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476294 | n.2637A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476295 | n.2638C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476296 | n.2639C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476301 | n.2644A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476311 | n.2654G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476312 | n.2655T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476313 | n.2656G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476332 | n.2675G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476336 | n.2679C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476338 | n.2681C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1476353 | n.2696G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1476356 | n.2699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476357 | n.2700T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1476369 | n.2712C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrl | 1476372 | n.2715T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
rrl | 1476383 | n.2726T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrl | 1476384 | n.2727G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476408 | n.2751G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1476411 | n.2754G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1476425 | n.2768G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrl | 1476442 | n.2785T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476443 | n.2786G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476455 | n.2798C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476456 | n.2799A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476463 | n.2806C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1476512 | n.2855C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476525 | n.2868A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
fabG1 | 1673553 | p.Asp38Glu | missense_variant | 0.21 |
rpsA | 1834177 | c.636A>C | synonymous_variant | 1.0 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2154724 | p.Arg463Leu | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2167926 | p.Leu896Ser | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
kasA | 2519071 | p.Asp319Glu | missense_variant | 0.18 |
pepQ | 2860159 | p.Ala87Gly | missense_variant | 0.12 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiD | 3339734 | p.Ala206Gly | missense_variant | 0.23 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB7 | 3568424 | p.Pro86Thr | missense_variant | 0.22 |
Rv3236c | 3612813 | p.Thr102Ala | missense_variant | 1.0 |
clpC1 | 4040032 | p.Val225Ile | missense_variant | 0.19 |
clpC1 | 4040033 | c.672G>C | synonymous_variant | 0.19 |
embC | 4240923 | p.Thr354Asn | missense_variant | 0.99 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4243460 | c.228C>T | synonymous_variant | 1.0 |
aftB | 4267647 | p.Asp397Gly | missense_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338372 | p.Lys50Asn | missense_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4407588 | c.615A>G | synonymous_variant | 1.0 |
gid | 4407927 | p.Glu92Asp | missense_variant | 1.0 |