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Run: ERR10796595
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Run ID: ERR10796595

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:12:10

Number of reads: 152616

Percentage reads mapped: 99.63

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.98
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
ethA 4327480 c.-7T>C upstream_gene_variant 1.0 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpoC 763771 c.402C>T synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472141 n.296G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472380 n.535G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472875 n.1030T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.44
rrl 1474124 n.467G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474125 n.468C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475692 n.2035G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475707 n.2050T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475772 n.2115A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
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