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Run: ERR163988

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Run ID: ERR163988

Sample name:

Date: 31-03-2023 14:51:51

Number of reads: 2132250

Percentage reads mapped: 49.06

Strain: lineage4.1.2

Drug-resistance: Sensitive


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 0.99
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7323 p.Pro8Ala missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 0.98
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776659 p.Asp608Asn missense_variant 0.98
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
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rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
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rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473083 n.1238G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
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rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
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rrl 1475057 n.1400G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475061 n.1404C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475065 n.1408G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
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rrl 1475849 n.2192G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
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rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
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rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
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rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
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rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
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rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
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rrl 1476657 n.3000G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
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embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4247121 p.Ser203Leu missense_variant 1.0
ubiA 4269864 c.-31C>G upstream_gene_variant 0.2
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0