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Run: ERR2660498
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Run ID: ERR2660498

Sample name:

Date: 31-03-2023 22:52:27

Number of reads: 1410445

Percentage reads mapped: 41.4

Strain: lineage4.3.4.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.2 Euro-American (LAM) LAM1;LAM4;LAM11 RD174 1.0
lineage4.3.4.2.1 Euro-American (LAM) LAM11 RD174 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6140 p.Val301Leu missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764405 c.1036_1038delAGGinsCGC synonymous_variant 0.14
rpoC 764410 c.1041G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764419 c.1050C>G synonymous_variant 0.15
rpoC 764428 c.1059G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764434 c.1065A>G synonymous_variant 0.16
rpoC 764435 c.1066_1068delAGGinsCGT synonymous_variant 0.16
rpoC 764441 p.Ile358Leu missense_variant 0.16
rpoC 764446 c.1077T>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764452 c.1083T>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764461 p.Glu364Asp missense_variant 0.16
rpoC 764471 p.Asn368Gln missense_variant 0.17
rpoC 764479 c.1110G>A synonymous_variant 0.17
rpoC 764491 c.1122G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 764498 p.Ser377Ala missense_variant 0.26
rpoC 764503 c.1134G>A synonymous_variant 0.25
rpoC 764509 c.1140G>C synonymous_variant 0.29
rpoC 764513 p.Phe382Ile missense_variant 0.26
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764527 c.1158C>T synonymous_variant 0.2
rpoC 764536 c.1167G>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764539 c.1170C>G synonymous_variant 0.17
rpoC 764545 c.1176C>G synonymous_variant 0.16
rpoC 764548 c.1179G>A synonymous_variant 0.16
rpoC 764551 c.1182G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764572 c.1203G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417491 c.-144C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
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rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472668 n.824dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472672 n.828_838delTTTCCTTCCTT non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472687 n.842A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472690 n.845_846insACCCCTCG non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrs 1472954 n.1109T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
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rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
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rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
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