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Run: ERR4586795
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Run ID: ERR4586795

Sample name:

Date: 01-04-2023 06:28:02

Number of reads: 1147370

Percentage reads mapped: 77.72

Strain: La1.8.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1 M.bovis None None 1.0
La1.8 M.bovis None None 1.0
La1.8.1 M.bovis None None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48 streptomycin
pncA 2289073 p.His57Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 0.96
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 8741 c.1440C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9217 p.Asp639Ala missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472085 n.240C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472207 n.362A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472244 n.399C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472603 n.758A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473201 n.1356A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473276 n.1431A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473317 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474288 n.631C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474289 n.632C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474291 n.635_651delTTCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474310 n.653_654insTG non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474758 n.1101G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474806 n.1149A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474823 n.1166C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474895 n.1238C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474917 n.1260G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475754 n.2097G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475759 n.2102C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475761 n.2104C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475774 n.2117C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475919 n.2262C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475938 n.2281C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476251 n.2594T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476256 n.2599A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476298 n.2641C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476309 n.2652G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476519 n.2862C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476520 n.2863G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476594 n.2937C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rpsA 1834859 p.Ala440Thr missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102193 p.Arg284Trp missense_variant 1.0
ndh 2103173 c.-132delG upstream_gene_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 1.0
katG 2156025 c.87C>A synonymous_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168011 p.Ser868Arg missense_variant 1.0
PPE35 2168319 p.Thr765Ile missense_variant 1.0
PPE35 2168814 c.1798dupA frameshift_variant 1.0
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.11
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
eis 2715125 p.Thr70Ala missense_variant 1.0
ald 3086728 c.-92C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087084 c.266delA frameshift_variant 1.0
Rv3083 3448783 p.Val94Ile missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474427 p.Val141Ile missense_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
clpC1 4038403 c.2302T>C synonymous_variant 1.0
embC 4240279 c.417G>A synonymous_variant 1.0
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4242970 c.-263C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244220 c.988C>T synonymous_variant 1.0
embB 4246551 p.Asn13Ser missense_variant 1.0
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.19
embB 4246864 c.351C>T synonymous_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
aftB 4267858 p.Ile327Val missense_variant 1.0
aftB 4269351 c.-515C>T upstream_gene_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0