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Run: ERR502472
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Run ID: ERR502472

Sample name:

Date: 01-04-2023 21:55:16

Number of reads: 269177

Percentage reads mapped: 4.9

Strain: lineage4.6.2.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 0.97
lineage4.6.2 Euro-American T;LAM RD726 1.0
lineage4.6.2.2 Euro-American (Cameroon) LAM10-CAM RD726 0.94
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9523 p.Pro741Gln missense_variant 0.29
fgd1 491341 p.Arg187Cys missense_variant 0.4
fgd1 491370 c.588C>A synonymous_variant 0.4
mshA 575304 c.-44G>T upstream_gene_variant 0.22
rpoB 760997 c.1191G>C synonymous_variant 0.33
rpoB 761015 c.1209G>C synonymous_variant 0.29
rpoB 761022 p.Ile406Phe missense_variant 0.29
rpoB 761027 c.1221A>G synonymous_variant 0.29
rpoB 761037 c.1231_1233delTTGinsCTC synonymous_variant 0.29
rpoB 761051 c.1245G>T synonymous_variant 0.25
rpoB 761054 c.1248G>C synonymous_variant 0.25
rpoB 761057 c.1251G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 763528 c.159G>T synonymous_variant 0.18
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.2
rpoC 763537 c.168C>T synonymous_variant 0.2
rpoC 766031 p.Glu888* stop_gained 0.4
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776041 p.Ala814Thr missense_variant 0.4
mmpL5 776270 p.Lys737Asn missense_variant 0.4
mmpL5 776335 p.Val716Met missense_variant 0.4
mmpL5 776834 c.1647C>A synonymous_variant 0.25
mmpR5 778298 c.-692C>T upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800783 c.-26C>T upstream_gene_variant 0.25
fbiC 1305251 p.Arg774Gln missense_variant 0.2
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1471914 n.69A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472085 n.240C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472086 n.241T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472338 n.493A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472339 n.494C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472501 n.656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473008 n.1164delT non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473298 n.1453A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474171 n.514C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474201 n.544T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474236 n.579G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474276 n.619C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474277 n.620C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474482 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474494 n.837C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474495 n.838G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474503 n.846G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474508 n.851C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474509 n.852G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474528 n.871T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474530 n.873G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474539 n.882C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474552 n.895C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474570 n.913G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474578 n.921A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474582 n.925T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474584 n.927C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474586 n.929T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474797 n.1140_1141insTATA non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474800 n.1144_1147delGTGC non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474928 n.1271C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474985 n.1328C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475122 n.1465C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475129 n.1472G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475144 n.1487G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475154 n.1497C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475163 n.1506T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475672 n.2015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475687 n.2030C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475688 n.2031G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475777 n.2120A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1475871 n.2214T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1475877 n.2220C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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