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Run: ERR983238
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Run ID: ERR983238

Sample name:

Date: 02-04-2023 13:16:32

Number of reads: 1339769

Percentage reads mapped: 97.73

Strain: lineage2.2.1.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
lineage2.2.1.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD150 RD105;RD207;RD181;RD150 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 0.97 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 0.95 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2289213 p.Gln10Pro missense_variant 1.0 pyrazinamide
embA 4243217 c.-16C>G upstream_gene_variant 0.23 ethambutol
embB 4248025 p.Glu504Asp missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 619831 c.-60T>G upstream_gene_variant 0.35
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763504 c.135C>A synonymous_variant 0.12
rpoC 764819 p.Trp484Gly missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472674 n.829T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474553 n.896T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474662 n.1005C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474688 n.1031G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474710 n.1053T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474711 n.1054_1055insAA non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474714 n.1058delT non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474717 n.1060A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475531 n.1874C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475538 n.1881T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475599 n.1942A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475602 n.1945G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475603 n.1946G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475604 n.1950_1951delAT non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475608 n.1951T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475610 n.1953G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475614 n.1957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475631 n.1975delC non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475642 n.1985T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475649 n.1992A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475655 n.1998T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475657 n.2000A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475688 n.2031G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475757 n.2101_2104delACCC non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475766 n.2109G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475997 n.2340A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476299 n.2642C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476308 n.2651G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.23
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.24
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
eis 2714846 p.Val163Ile missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
embB 4248115 c.1602C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0