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Run: SRR19325518
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Run ID: SRR19325518

Sample name:

Date: 03-04-2023 21:34:21

Number of reads: 1577306

Percentage reads mapped: 81.12

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 0.94 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 1.0 ethambutol
ethA 4326589 c.884delT frameshift_variant 1.0 ethionamide, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 761293 p.Val496Ala missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472436 n.591G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472437 n.592T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472449 n.604C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472450 n.605A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472451 n.606C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472841 n.996_997insC non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472845 n.1000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472846 n.1002delG non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472849 n.1004C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472868 n.1023T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472874 n.1029C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472875 n.1030_1031insTTAGTTGGTC non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474674 n.1018delC non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475575 n.1918C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475995 n.2338G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475998 n.2341C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476000 n.2343G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476255 n.2598A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476268 n.2611A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476275 n.2618T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476290 n.2636_2637insCATGGC non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476295 n.2639_2644delCCCCGA non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476306 n.2649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476311 n.2654G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476312 n.2655T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086731 c.-89A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243346 c.114A>G synonymous_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
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whiB6 4338371 p.Thr51Pro missense_variant 1.0
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