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Run: SRR5818694
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Run ID: SRR5818694

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:43:18

Number of reads: 632639

Percentage reads mapped: 52.4

Strain: lineage4.2.2.2;lineage3

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 0.74
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.19
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 0.18
lineage4.2.2 Euro-American (Ural) T;LAM7-TUR None 0.17
lineage4.2.2.2 Euro-American (Ural) T;LAM7-TUR None 0.27
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761127 p.Ser441Ala missense_variant 0.29 rifampicin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 6946 c.-356C>T upstream_gene_variant 0.93
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7842 p.Ile181Val missense_variant 0.13
gyrA 8536 p.Glu412Gly missense_variant 0.14
gyrA 8688 p.Ala463Ser missense_variant 0.19
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 0.75
mshA 576077 c.730C>T synonymous_variant 0.17
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 0.9
rpoB 760143 p.Val113Ile missense_variant 1.0
rpoB 761037 c.1231T>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761054 c.1248G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761060 c.1254C>G synonymous_variant 0.12
rpoB 761088 c.1282_1283delAGinsTC synonymous_variant 0.13
rpoB 761096 c.1290G>C synonymous_variant 0.2
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.25
rpoB 761132 c.1326G>C synonymous_variant 0.19
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 0.28
rpoB 761150 c.1344A>T synonymous_variant 0.16
rpoB 761165 c.1359G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 0.5
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.79
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 0.68
mmpL5 776238 p.Gly748Asp missense_variant 0.8
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471725 n.-121C>T upstream_gene_variant 0.13
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472864 n.1019C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474284 n.631_633delCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475751 n.2094C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475752 n.2095C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475776 n.2119G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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