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Run: SRR6982115
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Run ID: SRR6982115

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:27:42

Number of reads: 65000

Percentage reads mapped: 6.94

Strain: lineage4

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5520 p.Pro94Leu missense_variant 1.0
gyrB 5912 p.Asp225Asn missense_variant 0.22
gyrA 7222 c.-80C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7411 p.Val37Asp missense_variant 0.5
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 761047 p.Ile414Thr missense_variant 0.33
rpoC 765829 p.Met820Ile missense_variant 0.25
mmpL5 776936 c.1544delA frameshift_variant 0.33
mmpL5 776961 c.1519delA frameshift_variant 0.33
mmpL5 777777 p.Met235Thr missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1407428 c.-88C>G upstream_gene_variant 0.67
embR 1416181 c.1167G>T stop_lost&splice_region_variant 0.4
embR 1417329 p.Val7Met missense_variant 0.29
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1471914 n.69A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472252 n.407G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472253 n.408G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472262 n.417C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472269 n.424G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
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rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472669 n.824_825insTGG non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472742 n.897C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472838 n.993A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472839 n.994C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472841 n.996G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472844 n.1000delG non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472848 n.1004dupC non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
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rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473001 n.1156G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473002 n.1157G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473008 n.1163C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473009 n.1164T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
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rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
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rrl 1474584 n.927C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1475688 n.2031G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
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rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
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rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
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rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
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rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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