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Run: SRR6982349
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Run ID: SRR6982349

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:34:55

Number of reads: 458739

Percentage reads mapped: 54.08

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 0.99
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 0.99
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7996 p.Gly232Glu missense_variant 0.11
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 760975 c.1171delG frameshift_variant 0.14
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 766500 p.Ala1044Val missense_variant 1.0
rpoC 766824 p.Lys1152Met missense_variant 0.13
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpL5 776686 c.1794delG frameshift_variant 0.15
mmpL5 777659 c.822C>T synonymous_variant 0.14
mmpS5 778578 p.Thr110Ala missense_variant 0.12
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303980 c.1050G>T synonymous_variant 0.11
fbiC 1304707 p.Val593Ile missense_variant 0.14
Rv1258c 1406506 p.Ala279Thr missense_variant 0.11
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
Rv1258c 1407026 c.315G>C synonymous_variant 0.12
Rv1258c 1407248 c.93G>A synonymous_variant 0.12
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
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rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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rrl 1476624 n.2967T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476657 n.3000G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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