Run ID: ERR144568
Sample name:
Date: 31-03-2023 14:05:51
Number of reads: 374350
Percentage reads mapped: 5.55
Strain:
Drug-resistance: Pre-XDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
gyrA | 7570 | p.Ala90Val | missense_variant | 0.6 | ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin |
rpoB | 761155 | p.Ser450Leu | missense_variant | 0.62 | rifampicin |
rpoB | 762089 | p.Glu761Asp | missense_variant | 1.0 | rifampicin |
rrs | 1472362 | n.517C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 | streptomycin |
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eis | 2715369 | c.-37G>T | upstream_gene_variant | 0.57 | kanamycin |
embB | 4247574 | p.Asp354Ala | missense_variant | 0.5 | ethambutol |
ethA | 4327480 | c.-7T>C | upstream_gene_variant | 0.57 | ethionamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 0.5 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 0.33 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 0.71 |
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mshA | 575926 | c.579A>C | synonymous_variant | 0.4 |
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rpoC | 762836 | c.-534C>G | upstream_gene_variant | 0.22 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 0.4 |
rpoC | 766645 | p.Glu1092Asp | missense_variant | 0.77 |
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mmpL5 | 776182 | p.Asp767Asn | missense_variant | 0.67 |
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