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Run: ERR144568
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Run ID: ERR144568

Sample name:

Date: 31-03-2023 14:05:51

Number of reads: 374350

Percentage reads mapped: 5.55

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Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7570 p.Ala90Val missense_variant 0.6 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 0.62 rifampicin
rpoB 762089 p.Glu761Asp missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472362 n.517C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 0.57 isoniazid
pncA 2289077 c.164delG frameshift_variant 0.46 pyrazinamide, pyrazinamide
eis 2715369 c.-37G>T upstream_gene_variant 0.57 kanamycin
embB 4247574 p.Asp354Ala missense_variant 0.5 ethambutol
ethA 4327480 c.-7T>C upstream_gene_variant 0.57 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 0.5
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 0.33
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 0.71
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 0.67
mshA 575926 c.579A>C synonymous_variant 0.4
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 0.75
rpoC 762836 c.-534C>G upstream_gene_variant 0.22
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.4
rpoC 766645 p.Glu1092Asp missense_variant 0.77
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 0.9
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 0.67
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472252 n.407G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472253 n.408G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472277 n.432C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472669 n.824_825insTAG non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1473862 n.205C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1473867 n.210C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1473871 n.214T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473888 n.231T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1473899 n.242A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1473905 n.248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1473923 n.266C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473926 n.269G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474509 n.852G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474528 n.871T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474530 n.873G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474539 n.882C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474552 n.895C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474558 n.901G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474562 n.905G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474570 n.913G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474571 n.914G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474578 n.921A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474584 n.927C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474586 n.929T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474609 n.952G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
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rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
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rrl 1474816 n.1159G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474830 n.1173A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
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rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474910 n.1253C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474928 n.1271C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
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rrl 1475081 n.1424C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475084 n.1427G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
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rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
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