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Run: ERR1465744
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Run ID: ERR1465744

Sample name:

Date: 31-03-2023 14:17:24

Number of reads: 1580253

Percentage reads mapped: 21.52

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6438 p.Pro400Arg missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
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rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
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rrs 1472253 n.408G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
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rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrs 1472669 n.824_825insTGG non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
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rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
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rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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