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Run: SRR18003044
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Run ID: SRR18003044

Sample name:

Date: 03-04-2023 19:15:38

Number of reads: 3868463

Percentage reads mapped: 94.14

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761161 p.Leu452Pro missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 0.99 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 0.98
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.28
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474284 n.631_633delCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476299 n.2642C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476308 n.2651G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 0.99
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726187 c.-6A>C upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3065797 c.394delC frameshift_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 0.99
alr 3841535 c.-115G>A upstream_gene_variant 0.99
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 0.99
embB 4246544 p.Thr11Pro missense_variant 0.12
embB 4246548 p.Pro12Gln missense_variant 0.14
embB 4246555 c.42G>C synonymous_variant 0.15
embB 4246556 p.Ala15Pro missense_variant 0.14
embB 4246563 p.Leu17Trp missense_variant 0.14
embB 4246567 c.54G>T synonymous_variant 0.13
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338286 c.235delG frameshift_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0