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Run: SRR19304115
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Run ID: SRR19304115

Sample name:

Date: 03-04-2023 21:25:25

Number of reads: 7350022

Percentage reads mapped: 94.99

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 0.99
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.28
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474282 n.625G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474288 n.631C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474307 n.650G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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