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Run: SRR2101685
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Run ID: SRR2101685

Sample name:

Date: 03-04-2023 23:51:35

Number of reads: 430763

Percentage reads mapped: 39.92

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 9793 p.Asn831Ser missense_variant 0.11
ccsA 619831 c.-60T>G upstream_gene_variant 0.22
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303016 p.Val29Gly missense_variant 0.2
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rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
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rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
fabG1 1673947 p.Glu170* stop_gained 0.15
rpsA 1834898 p.Ser453Gly missense_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
tlyA 1918416 c.477G>A synonymous_variant 0.17
PPE35 2169402 p.Thr404Met missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289327 c.-86C>T upstream_gene_variant 0.13
ahpC 2726338 p.Val49Gly missense_variant 0.23
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