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Run: SRR6045464
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Run ID: SRR6045464

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:59:49

Number of reads: 1564043

Percentage reads mapped: 67.59

Strain: lineage4.1.1.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576459 c.1117_1147delGCGGTGGGCGGGCTGCCCGTCGCGGTGCGCG frameshift_variant 0.12
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.24
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474381 n.724T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474406 n.749T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474502 n.845A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474740 n.1083G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475499 n.1842C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475515 n.1858G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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