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Run: SRR6045778
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Run ID: SRR6045778

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:05:09

Number of reads: 2220485

Percentage reads mapped: 73.12

Strain: lineage3.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 0.97
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.17
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472670 n.824_825insTGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472813 n.968A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1473751 n.94C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474201 n.544T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474236 n.579G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474284 n.631_633delCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474384 n.727C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475115 n.1458A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475116 n.1459G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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