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Run: SRR6982014
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Run ID: SRR6982014

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:24:43

Number of reads: 265430

Percentage reads mapped: 16.91

Strain: lineage4.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
ethA 4327002 c.471dupC frameshift_variant 0.4 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7977 p.Pro226Thr missense_variant 0.33
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 763245 p.Glu1147* stop_gained 0.2
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 765617 p.Glu750* stop_gained 0.18
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpR5 778409 c.-581G>T upstream_gene_variant 0.5
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304398 p.Arg490Cys missense_variant 0.33
fbiC 1305366 p.Met812Ile missense_variant 0.18
embR 1416361 c.987C>T synonymous_variant 0.14
embR 1416502 p.Met282Ile missense_variant 0.15
embR 1417357 c.-10A>T upstream_gene_variant 0.13
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472085 n.240C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472086 n.241T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
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rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
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rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
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rrs 1472669 n.824_825insTGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.91
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rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
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rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
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rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
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rrs 1473008 n.1163C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
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rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrs 1473224 n.1379G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
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rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1474740 n.1083G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrl 1474758 n.1101G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
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rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474797 n.1140_1141insTATA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
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rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
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rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
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rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
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