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Run: SRR6982297
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Run ID: SRR6982297

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:33:14

Number of reads: 111188

Percentage reads mapped: 15.59

Strain: lineage4.1.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 0.11
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5898 p.Asp220Val missense_variant 0.67
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9729 p.Asp810Tyr missense_variant 0.22
rpoB 760689 p.Phe295Leu missense_variant 0.67
rpoB 762637 c.2836dupG frameshift_variant 0.4
rpoC 763398 p.Leu10Pro missense_variant 0.4
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781780 p.Leu74Pro missense_variant 0.22
rplC 800859 p.Phe17Leu missense_variant 0.25
fbiC 1304111 p.Ala394Glu missense_variant 0.33
fbiC 1305143 p.Glu738Ala missense_variant 0.18
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rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476657 n.3000G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476661 n.3004A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476664 n.3007T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476665 n.3008T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476675 n.3018C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
inhA 1674562 p.His121Tyr missense_variant 0.33
rpsA 1833447 c.-95C>A upstream_gene_variant 0.4
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