Run ID: SRR7585400
Sample name:
Date: 04-04-2023 19:45:33
Number of reads: 2271526
Percentage reads mapped: 87.45
Strain: lineage3
Drug-resistance: MDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage3 | East-African-Indian | CAS | RD750 | 0.99 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761155 | p.Ser450Leu | missense_variant | 1.0 | rifampicin |
rrs | 1472644 | n.799C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 | streptomycin |
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rrs | 1473329 | n.1484G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
embB | 4247431 | p.Met306Ile | missense_variant | 1.0 | ethambutol |
gid | 4408100 | c.102dupG | frameshift_variant | 1.0 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
mshA | 576108 | p.Ala254Gly | missense_variant | 0.15 |
rpoB | 759746 | c.-61C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoB | 761005 | p.Thr400Asn | missense_variant | 0.38 |
rpoB | 761407 | p.Val534Gly | missense_variant | 0.5 |
rpoC | 762434 | c.-936T>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
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rpoC | 763534 | c.165T>C | synonymous_variant | 0.12 |
rpoC | 763537 | c.168C>G | synonymous_variant | 0.12 |
rpoC | 763546 | c.177A>G | synonymous_variant | 0.12 |
rpoC | 763570 | c.201G>C | synonymous_variant | 0.14 |
rpoC | 764365 | c.996C>T | synonymous_variant | 0.11 |
rpoC | 764405 | c.1036_1038delAGGinsCGC | synonymous_variant | 0.11 |
rpoC | 764419 | c.1050C>G | synonymous_variant | 0.11 |
rpoC | 764446 | c.1077T>C | synonymous_variant | 0.1 |
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rpoC | 764452 | c.1083T>A | synonymous_variant | 0.11 |
rpoC | 764461 | c.1092A>G | synonymous_variant | 0.1 |
rpoC | 764819 | p.Trp484Gly | missense_variant | 0.17 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
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