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Run: ERR037234
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Run ID: ERR037234

Sample name:

Date: 31-03-2023 08:31:46

Number of reads: 51420

Percentage reads mapped: 0.49

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoB 760220 c.414C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 760235 c.429T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 760244 c.438G>T synonymous_variant 1.0
rpoB 760253 c.447T>G synonymous_variant 1.0
rpoB 760256 c.450C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 760274 p.Glu156Asp missense_variant 1.0
rpoB 761312 c.1506G>T synonymous_variant 1.0
rpoB 761318 c.1512G>T synonymous_variant 1.0
rpoB 761457 p.Pro551Thr missense_variant 1.0
rpoB 761997 c.2191C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 762002 c.2196C>G synonymous_variant 1.0
rpoB 762003 p.Asn733Gln missense_variant 1.0
rpoB 762011 c.2205G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762017 c.2211A>G synonymous_variant 1.0
rpoB 762020 p.Glu738Asp missense_variant 1.0
rpoB 762047 c.2241G>A synonymous_variant 1.0
rpoB 762053 c.2247T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762056 c.2250G>A synonymous_variant 1.0
rpoB 762068 c.2262C>G synonymous_variant 1.0
rpoB 762083 c.2277T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762086 c.2280G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762266 c.2460T>G synonymous_variant 1.0
rpoB 762275 c.2469C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 762278 c.2472C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 762284 c.2478G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762293 c.2487T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762299 c.2493G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762329 c.2523G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.67
rpoC 762959 c.-411G>C upstream_gene_variant 0.75
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.67
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763104 p.Ile1100Val missense_variant 1.0
rpoC 763109 c.-261C>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763139 c.-231C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763142 c.-228C>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763166 c.-204A>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763172 c.-198G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763190 c.-180C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763558 c.189C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763573 c.204G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763594 c.225C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763597 c.228G>A synonymous_variant 1.0
rpoC 763648 c.279C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764101 c.732C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764107 c.738C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764110 c.741C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 764140 c.771C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764149 c.780G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764164 p.Ile265Met missense_variant 1.0
rpoC 764458 c.1089G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764461 c.1092A>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 1.0
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rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764569 c.1200G>A synonymous_variant 1.0
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 1.0
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rpoC 764609 c.1240C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 764644 c.1275G>C synonymous_variant 0.83
rpoC 764647 c.1278C>G synonymous_variant 0.75
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.6
rpoC 764656 c.1287C>G synonymous_variant 0.4
rpoC 764662 c.1293G>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764668 c.1299C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764675 c.1306_1308delCTCinsTTG synonymous_variant 0.67
rpoC 764689 c.1320G>A synonymous_variant 0.75
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rpoC 764720 c.1351C>T synonymous_variant 1.0
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rpoC 764948 c.1579T>C synonymous_variant 1.0
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rpoC 764959 c.1590G>A synonymous_variant 1.0
rpoC 764968 c.1599T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 765875 p.Val836Ile missense_variant 1.0
rpoC 765904 c.2535C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 765934 c.2565C>T synonymous_variant 1.0
rpsL 781778 c.219C>T synonymous_variant 1.0
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rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
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