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Run: SRR10430377
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Run ID: SRR10430377

Sample name:

Date: 02-04-2023 17:42:10

Number of reads: 2855381

Percentage reads mapped: 90.71

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 0.97 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2289252 c.-11A>G upstream_gene_variant 1.0 pyrazinamide
embB 4247429 p.Met306Val missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.16
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 759940 p.Pro45Leu missense_variant 0.99
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 766645 p.Glu1092Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474356 n.699T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474450 n.793T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475757 n.2101_2104delACCC non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475764 n.2107A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475963 n.2306G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475996 n.2339T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475997 n.2340A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476024 n.2367T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476025 n.2368G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476033 n.2376T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476034 n.2377C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476045 n.2388G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476056 n.2399G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476058 n.2401T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476080 n.2423T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476251 n.2594T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476256 n.2599A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476308 n.2651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170065 p.Ala183Gly missense_variant 0.18
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073715 p.Pro253Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339734 p.Ala206Gly missense_variant 0.44
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
rpoA 3878630 c.-123G>C upstream_gene_variant 0.12
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.16
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
ethA 4326533 p.Thr314Ile missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0