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Run: SRR1062859
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Run ID: SRR1062859

Sample name:

Date: 02-04-2023 18:37:13

Number of reads: 773736

Percentage reads mapped: 12.47

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 0.99
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 0.98
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5576 p.Ala113Thr missense_variant 0.2
gyrB 5602 c.363C>T synonymous_variant 0.15
gyrB 5945 p.Arg236Cys missense_variant 0.2
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9020 p.Gln573His missense_variant 0.17
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9336 p.Gln679Lys missense_variant 0.22
fgd1 490751 c.-32T>C upstream_gene_variant 0.2
fgd1 491096 c.317delG frameshift_variant 0.14
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575846 p.Asp167Asn missense_variant 0.17
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
mshA 576482 p.Val379Ile missense_variant 0.17
ccsA 619760 c.-131G>T upstream_gene_variant 0.17
ccsA 620458 p.Gly190Ser missense_variant 0.22
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 760988 c.1182C>A synonymous_variant 0.14
rpoB 762197 c.2391C>A synonymous_variant 0.14
rpoB 762795 p.Asp997Asn missense_variant 0.2
rpoB 762915 p.Ala1037Thr missense_variant 0.14
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 765377 p.Arg670Trp missense_variant 0.14
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpL5 777701 c.780C>T synonymous_variant 0.15
mmpL5 778425 p.Ala19Val missense_variant 0.22
mmpL5 778633 c.-153C>G upstream_gene_variant 0.17
mmpL5 778855 c.-375G>T upstream_gene_variant 0.13
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800750 c.-59G>T upstream_gene_variant 0.13
fbiC 1303090 p.Glu54* stop_gained 0.15
fbiC 1303442 c.513delG frameshift_variant 0.2
fbiC 1303932 c.1002G>A synonymous_variant 0.33
fbiC 1305063 c.2133G>C synonymous_variant 0.17
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
Rv1258c 1406887 p.Leu152Met missense_variant 0.18
Rv1258c 1407287 p.Met18Ile missense_variant 0.12
Rv1258c 1407376 c.-37_-36delCCinsGA upstream_gene_variant 0.17
embR 1416787 c.561C>T synonymous_variant 0.14
embR 1417546 c.-199C>T upstream_gene_variant 0.14
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
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rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
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