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Run: ERR176780
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Run ID: ERR176780

Sample name:

Date: 31-03-2023 15:12:55

Number of reads: 39762

Percentage reads mapped: 0.92

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpoC 763456 c.87A>G synonymous_variant 1.0
rpoC 763465 c.96G>A synonymous_variant 1.0
rpoC 763478 c.109_111delCGCinsAGG synonymous_variant 1.0
rpoC 763492 c.123G>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763495 c.126G>A synonymous_variant 1.0
rpoC 763498 c.129G>A synonymous_variant 1.0
rpoC 763501 p.Asp44Glu missense_variant 1.0
rpoC 763504 c.135C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 763510 c.141C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763535 p.Arg56Lys missense_variant 1.0
rpoC 763550 p.Tyr61His missense_variant 1.0
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764498 p.Ser377Ala missense_variant 1.0
rpoC 764503 c.1134G>C synonymous_variant 1.0
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472100 n.255T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472669 n.824_825insTAG non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
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rrs 1473002 n.1157G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1473124 n.1279A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
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rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
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rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
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rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476160 n.2503T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1476251 n.2594T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
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rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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