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Run: ERR323068
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Run ID: ERR323068

Sample name:

Date: 01-04-2023 00:49:47

Number of reads: 45130

Percentage reads mapped: 0.86

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 0.75
rpoC 762908 c.-462G>A upstream_gene_variant 0.86
rpoC 762914 c.-456C>T upstream_gene_variant 0.86
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.86
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.88
rpoB 762939 p.Met1045Leu missense_variant 0.88
rpoB 762942 p.Ile1046Val missense_variant 0.88
rpoC 762947 c.-423C>G upstream_gene_variant 0.89
rpoC 762968 c.-402G>A upstream_gene_variant 0.8
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.8
rpoC 762980 c.-390T>C upstream_gene_variant 0.8
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.8
rpoC 763501 p.Asp44Glu missense_variant 0.67
rpoC 763505 c.136C>T synonymous_variant 0.67
rpoC 763597 p.Glu76Asp missense_variant 1.0
rpoC 763612 c.243G>A synonymous_variant 1.0
rpoC 763630 c.261G>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763636 c.267T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763639 c.270G>A synonymous_variant 1.0
rpoC 763660 c.291T>G synonymous_variant 1.0
rpoC 763666 c.297G>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763669 c.300C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 763672 c.303C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 763673 p.Thr102Ser missense_variant 1.0
rpoC 763678 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764329 c.960C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764344 c.975C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764353 c.984G>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764368 c.999C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 764371 c.1002G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764377 c.1008C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764381 c.1012_1013delTCinsAG synonymous_variant 1.0
rpoC 764405 c.1036_1038delAGGinsCGC synonymous_variant 1.0
rpoC 764410 c.1041G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764419 c.1050C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764428 c.1059G>T synonymous_variant 0.86
rpoC 764434 c.1065A>G synonymous_variant 0.75
rpoC 764435 c.1066_1068delAGGinsCGC synonymous_variant 0.75
rpoC 764441 p.Ile358Leu missense_variant 0.75
rpoC 764452 c.1083T>A synonymous_variant 0.67
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
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rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
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rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
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