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Run: ERR4769423
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Run ID: ERR4769423

Sample name:

Date: 01-04-2023 06:40:21

Number of reads: 3768747

Percentage reads mapped: 81.11

Strain: La1.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1 M.bovis None None 1.0
La1.3 M.bovis None None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
pncA 2289073 p.His57Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764536 c.1167G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764539 c.1170C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.15
rpoC 764623 c.1254C>G synonymous_variant 0.17
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764644 c.1275G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764650 c.1281G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.15
rpoC 764695 c.1326T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 765751 c.2382C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 0.99
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781402 c.-158A>G upstream_gene_variant 1.0
rplC 800651 c.-158G>A upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472133 n.288G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472675 n.832delC non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472686 n.841G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473062 n.1217T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473065 n.1220C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473147 n.1302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474558 n.901G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474658 n.1001A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474794 n.1137C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474830 n.1173A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476325 n.2668A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476491 n.2834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476530 n.2873C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476540 n.2883C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476728 n.3071T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rpsA 1834859 p.Ala440Thr missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2103173 c.-132delG upstream_gene_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 1.0
katG 2156025 c.87C>A synonymous_variant 1.0
katG 2156465 c.-354C>T upstream_gene_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168011 p.Ser868Arg missense_variant 1.0
PPE35 2168814 c.1798dupA frameshift_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
kasA 2519305 c.1191A>G synonymous_variant 1.0
ald 3086728 c.-92C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087084 c.266delA frameshift_variant 1.0
Rv3083 3448783 p.Val94Ile missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474427 p.Val141Ile missense_variant 1.0
fprA 3474684 c.678T>C synonymous_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
rpoA 3878630 c.-124delC upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038403 c.2302T>C synonymous_variant 1.0
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4242970 c.-263C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244220 c.988C>T synonymous_variant 1.0
embA 4244895 p.Thr555Ala missense_variant 1.0
embB 4246551 p.Asn13Ser missense_variant 1.0
embB 4246864 c.351C>T synonymous_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
aftB 4267858 p.Ile327Val missense_variant 1.0
aftB 4269351 c.-515C>T upstream_gene_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0