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Run: ERR4811708

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Run ID: ERR4811708

Sample name:

Date: 01-04-2023 11:37:32

Number of reads: 2337567

Percentage reads mapped: 78.55

Strain: lineage4

Drug-resistance: HR-TB


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
fabG1 1673423 c.-17G>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 761889 p.Val695Leu missense_variant 1.0
rpoC 764561 p.Pro398Ala missense_variant 0.12
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.12
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764623 c.1254C>G synonymous_variant 0.15
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801009 c.201A>G synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472571 n.726G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472583 n.738T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472660 n.815T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472666 n.821G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472694 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472714 n.869A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472923 n.1078G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472934 n.1089C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472993 n.1148G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473001 n.1156G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473009 n.1164T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473083 n.1238G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473128 n.1283C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473324 n.1479G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474466 n.809G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474488 n.831G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474516 n.859C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474770 n.1113G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474800 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475692 n.2035G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475695 n.2038G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475696 n.2039T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475703 n.2046A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475704 n.2047C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475707 n.2050T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475751 n.2094C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475877 n.2220C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475879 n.2222T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475892 n.2235A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476076 n.2419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476079 n.2422G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476086 n.2429G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476087 n.2430C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476095 n.2438C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476096 n.2439T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476105 n.2450delA non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476116 n.2459A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476117 n.2460G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223214 c.-50A>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3065517 c.675C>T synonymous_variant 1.0
Rv3083 3448439 c.-64delA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474299 p.Asp98Gly missense_variant 1.0
rpoA 3878635 c.-128C>T upstream_gene_variant 0.41
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
ethA 4328317 c.-844C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0