TB-Profiler result

Run: SRR10993953
Summary

Run ID: SRR10993953

Sample name:

Date: 02-04-2023 19:49:02

Number of reads: 550729

Percentage reads mapped: 40.16

Strain: La1.6

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1 M.bovis None None 1.0
La1.6 M.bovis None None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
pncA 2289073 p.His57Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7042 c.-260C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9217 p.Asp639Ala missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 0.94
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620768 p.Ala293Gly missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775702 p.Pro927Thr missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777428 c.1052delT frameshift_variant 0.13
mmpL5 777869 c.612G>C synonymous_variant 0.17
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
atpE 1461033 c.-12G>T upstream_gene_variant 0.18
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472518 n.673G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472544 n.699C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472599 n.754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472669 n.824_825insTAG non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472690 n.845_846insCCGTA non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472975 n.1130T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474494 n.837C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474495 n.838G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474503 n.846G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474508 n.851C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474509 n.852G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474528 n.871T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474552 n.895C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474578 n.921A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474584 n.927C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474586 n.929T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476022 n.2365A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476248 n.2591G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476259 n.2602C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476306 n.2649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476572 n.2915G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476595 n.2938C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476602 n.2945G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476608 n.2951C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476621 n.2964C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476624 n.2967T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476625 n.2968C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476638 n.2981C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rpsA 1834859 p.Ala440Thr missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102142 p.Gly301Ser missense_variant 0.13
ndh 2102414 p.Arg210Pro missense_variant 0.11
ndh 2103173 c.-132delG upstream_gene_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 1.0
katG 2156025 c.87C>A synonymous_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168011 p.Ser868Arg missense_variant 1.0
PPE35 2168319 p.Thr765Ile missense_variant 1.0
PPE35 2168350 p.Gly755Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168814 c.1798dupA frameshift_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223062 p.Thr35Ala missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
folC 2746162 c.1437G>C synonymous_variant 1.0
folC 2746245 p.Ala452Thr missense_variant 1.0
ribD 2987615 c.777A>G stop_lost&splice_region_variant 1.0
ald 3086728 c.-92C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087084 c.266delA frameshift_variant 1.0
fbiD 3339273 c.156T>G synonymous_variant 0.27
Rv3083 3448783 p.Val94Ile missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474427 p.Val141Ile missense_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
ddn 3986869 p.Leu9Pro missense_variant 0.11
clpC1 4038403 c.2302T>C synonymous_variant 1.0
clpC1 4039484 c.1221T>G synonymous_variant 0.18
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4242970 c.-263C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244220 c.988C>T synonymous_variant 1.0
embB 4246551 p.Asn13Ser missense_variant 1.0
embB 4246864 c.351C>T synonymous_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
embB 4247791 c.1278C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267858 p.Ile327Val missense_variant 1.0
aftB 4269351 c.-515C>T upstream_gene_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0