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Run: SRR1181319
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Run ID: SRR1181319

Sample name:

Date: 03-04-2023 04:46:44

Number of reads: 428458

Percentage reads mapped: 8.67

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
pncA 2288824 c.416_417dupTG frameshift_variant 0.25 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302826 c.-105G>A upstream_gene_variant 0.25
Rv1258c 1406253 p.Gly363Val missense_variant 1.0
atpE 1460855 c.-190_-189insCC upstream_gene_variant 0.17
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472669 n.824_825insTGG non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472742 n.897C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1473843 n.186G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473847 n.190G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1473851 n.194G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473862 n.205C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
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rrl 1473871 n.214T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1473888 n.231T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1473899 n.242A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1473923 n.266C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
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rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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rrl 1476529 n.2872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
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rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476595 n.2938C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476602 n.2945G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476608 n.2951C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476621 n.2964C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476624 n.2967T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
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