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Run: SRR5341460
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Run ID: SRR5341460

Sample name:

Date: 04-04-2023 10:22:56

Number of reads: 4749585

Percentage reads mapped: 46.55

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gid 4407851 c.351delG frameshift_variant 0.99 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 7158 c.1931_1933delCCG disruptive_inframe_deletion 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763443 p.Tyr25Cys missense_variant 0.1
rpoC 763450 c.81G>A synonymous_variant 0.14
rpoC 763456 c.87A>G synonymous_variant 0.16
rpoC 763486 c.117T>C synonymous_variant 0.22
rpoC 763495 c.126G>A synonymous_variant 0.2
rpoC 763498 c.129G>A synonymous_variant 0.19
rpoC 763501 p.Asp44Glu missense_variant 0.19
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
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rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
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rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
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rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrs 1472333 n.490dupA non_coding_transcript_exon_variant 0.35
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