Run ID: SRR6982465
Sample name:
Date: 04-04-2023 18:38:15
Number of reads: 789066
Percentage reads mapped: 66.0
Strain: lineage4.3.4.2
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 1.0 |
lineage4.3.4 | Euro-American (LAM) | LAM | RD174 | 1.0 |
lineage4.3.4.2 | Euro-American (LAM) | LAM1;LAM4;LAM11 | RD174 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 6817 | c.-485G>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472127 | n.282C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472129 | n.284G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472137 | n.292G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472203 | n.358G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472210 | n.365A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472213 | n.368G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472557 | n.712G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrs | 1472573 | n.728C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472579 | n.734G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472658 | n.813G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrs | 1472661 | n.816A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1472669 | n.824_825insTGG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.51 |
rrs | 1472677 | n.832C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrs | 1472678 | n.833T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrs | 1472690 | n.845C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.51 |
rrs | 1472697 | n.852T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472708 | n.863T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.66 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1472733 | n.888G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472734 | n.889C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472741 | n.896G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472742 | n.897C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.66 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1472827 | n.982G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1472828 | n.983T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1472836 | n.991G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472838 | n.993A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472839 | n.994C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472840 | n.995A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrs | 1472841 | n.996G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472844 | n.1000delG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472848 | n.1004dupC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1472860 | n.1015C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrs | 1472861 | n.1016G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472953 | n.1108G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472958 | n.1113A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472959 | n.1114T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472969 | n.1125_1126delCG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472974 | n.1129A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472975 | n.1130T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472977 | n.1132G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472982 | n.1137G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1473001 | n.1156G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473002 | n.1157G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473004 | n.1159T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473008 | n.1163C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1473009 | n.1164T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1473020 | n.1175T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473053 | n.1208T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473062 | n.1217T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473068 | n.1223A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473081 | n.1236C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473089 | n.1244A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1473093 | n.1248C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1473094 | n.1249T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1473097 | n.1252G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1473099 | n.1254T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1473100 | n.1255G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1473101 | n.1256C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473108 | n.1263G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473109 | n.1264T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473112 | n.1267A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473115 | n.1270G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473119 | n.1274_1275insT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473126 | n.1282delG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473130 | n.1285G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473147 | n.1302G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473148 | n.1303G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473150 | n.1305T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473161 | n.1316A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473163 | n.1318C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473164 | n.1319C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473177 | n.1332G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473192 | n.1347A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473205 | n.1360T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474790 | n.1133C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1474798 | n.1141C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1474801 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1474804 | n.1147C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1474816 | n.1159G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1474823 | n.1166C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1474827 | n.1170C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1474830 | n.1173A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1474831 | n.1174A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1474844 | n.1187G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1474866 | n.1209C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1474869 | n.1212G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1474896 | n.1239A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1475687 | n.2030C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1475688 | n.2031G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1475696 | n.2039T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1475703 | n.2046A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1475707 | n.2050T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1475713 | n.2056C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1475716 | n.2059A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1475816 | n.2159C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1475817 | n.2160A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1475858 | n.2201T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1475866 | n.2209T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476135 | n.2478T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1476141 | n.2484A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1476153 | n.2496T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476165 | n.2508T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrl | 1476194 | n.2537A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1476195 | n.2538C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1476196 | n.2539C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1476200 | n.2543A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1476204 | n.2547C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1476210 | n.2553G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1476211 | n.2554G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1476212 | n.2555T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrl | 1476214 | n.2557G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrl | 1476215 | n.2558C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrl | 1476225 | n.2568T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrl | 1476229 | n.2572C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrl | 1476251 | n.2594T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.66 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrl | 1476280 | n.2623A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrl | 1476293 | n.2636C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
rrl | 1476294 | n.2637A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
rrl | 1476295 | n.2638C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrl | 1476296 | n.2639C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrl | 1476297 | n.2640C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrl | 1476301 | n.2644A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrl | 1476302 | n.2645G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrl | 1476311 | n.2654G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrl | 1476312 | n.2655T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
rrl | 1476313 | n.2656G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
rrl | 1476332 | n.2675G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrl | 1476338 | n.2681C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrl | 1476353 | n.2696G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 |
rrl | 1476372 | n.2715T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.72 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.72 |
rrl | 1476383 | n.2726T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.72 |
rrl | 1476408 | n.2751G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 |
rrl | 1476425 | n.2768G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 |
rrl | 1476512 | n.2855C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 |
rrl | 1476514 | n.2857C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 |
rrl | 1476519 | n.2862C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrl | 1476523 | n.2866T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrl | 1476524 | n.2867C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrl | 1476525 | n.2868A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrl | 1476529 | n.2872A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrl | 1476530 | n.2873C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrl | 1476538 | n.2881A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 |
rrl | 1476540 | n.2883C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrl | 1476547 | n.2890C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrl | 1476567 | n.2910C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrl | 1476573 | n.2916A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.66 |
rrl | 1476577 | n.2920T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrl | 1476595 | n.2938C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrl | 1476602 | n.2945G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrl | 1476608 | n.2951C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrl | 1476614 | n.2957A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrl | 1476619 | n.2962C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476621 | n.2964C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1476624 | n.2967T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1476628 | n.2971T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1476629 | n.2972C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1476630 | n.2973A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1476637 | n.2980C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1476657 | n.3000G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476661 | n.3004A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476664 | n.3007T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476665 | n.3008T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
thyA | 3073868 | p.Thr202Ala | missense_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612009 | p.Ala370Thr | missense_variant | 1.0 |
clpC1 | 4038287 | c.2418C>T | synonymous_variant | 1.0 |
embC | 4239763 | c.-100C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
aftB | 4267618 | p.Ile407Val | missense_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338250 | p.Ala91Val | missense_variant | 0.11 |
whiB6 | 4338594 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338599 | c.-78A>C | upstream_gene_variant | 0.3 |
gid | 4408156 | p.Leu16Arg | missense_variant | 1.0 |