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Run: ERR4821286
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Run ID: ERR4821286

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:10:09

Number of reads: 1315898

Percentage reads mapped: 61.78

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.18
rpoC 762902 c.-468C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.11
rpoC 763729 c.360G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.15
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.12
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764623 c.1254C>G synonymous_variant 0.15
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.16
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.18
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764671 c.1302G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764692 c.1323C>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.15
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 766085 p.Pro906Ala missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpR5 779101 p.Arg38Gly missense_variant 0.14
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781766 c.207C>T synonymous_variant 0.13
rpsL 781772 c.213C>T synonymous_variant 0.14
rpsL 781796 p.Met79Ile missense_variant 0.15
rpsL 781802 c.243G>C synonymous_variant 0.14
rpsL 781805 c.246G>T synonymous_variant 0.13
rpsL 781811 c.252C>T synonymous_variant 0.15
rpsL 781814 c.255C>T synonymous_variant 0.15
rpsL 781829 c.270G>C synonymous_variant 0.11
rpsL 781832 c.273T>C synonymous_variant 0.11
atpE 1460992 c.-53A>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471878 n.33C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472274 n.429A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473717 n.60G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrl 1474293 n.637_650delCCTCTCCGGAGGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1474476 n.819C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474492 n.835A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474496 n.839C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474501 n.844A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474558 n.901G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474581 n.924C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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