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Run: SRR6982058
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Run ID: SRR6982058

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:26:09

Number of reads: 205420

Percentage reads mapped: 15.17

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 0.99
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
ethR 4327831 p.Ala95Thr missense_variant 1.0 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5992 c.753T>C synonymous_variant 0.2
gyrB 6650 p.Arg471Ser missense_variant 0.2
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
mshA 575914 c.569_572delACGG frameshift_variant 0.17
mshA 576147 p.Val267Glu missense_variant 0.17
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 759780 c.-27_-26insCG upstream_gene_variant 0.2
rpoB 760706 c.900C>T synonymous_variant 0.2
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763555 c.186C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 766456 c.3087C>A synonymous_variant 0.4
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpL5 776454 p.Met676Thr missense_variant 0.22
mmpS5 778979 c.-74G>T upstream_gene_variant 1.0
mmpR5 779005 p.Gly6Trp missense_variant 0.33
mmpR5 779348 c.363delG frameshift_variant 0.13
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801275 p.Thr156Lys missense_variant 0.29
fbiC 1304911 p.Leu661Met missense_variant 0.12
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
embR 1416623 p.Asp242Val missense_variant 0.5
embR 1416629 c.713_718delACCTCG disruptive_inframe_deletion 0.5
atpE 1460949 c.-96_-95insT upstream_gene_variant 0.29
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472253 n.408G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472859 n.1014_1015insA non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472863 n.1018T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473123 n.1278A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473127 n.1282G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473274 n.1429C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473280 n.1435G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473291 n.1446G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473296 n.1451G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473297 n.1452G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473303 n.1458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1473414 n.-244G>T upstream_gene_variant 0.2
rrl 1473480 n.-178C>T upstream_gene_variant 0.29
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474797 n.1140_1141insTATA non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474800 n.1144_1147delGTGC non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475687 n.2030C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475688 n.2031G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475875 n.2219delA non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
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