Run ID: SRR6982058
Sample name:
Date: 04-04-2023 18:26:09
Number of reads: 205420
Percentage reads mapped: 15.17
Strain: lineage2.2.1
Drug-resistance: HR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage2 | East-Asian | Beijing | RD105 | 0.99 |
lineage2.2 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD207 | RD105;RD207 | 1.0 |
lineage2.2.1 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD181 | RD105;RD207;RD181 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
fabG1 | 1673425 | c.-15C>T | upstream_gene_variant | 1.0 | isoniazid, ethionamide |
ethR | 4327831 | p.Ala95Thr | missense_variant | 1.0 | ethionamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 5992 | c.753T>C | synonymous_variant | 0.2 |
gyrB | 6650 | p.Arg471Ser | missense_variant | 0.2 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
mshA | 575907 | p.Ala187Val | missense_variant | 1.0 |
mshA | 575914 | c.569_572delACGG | frameshift_variant | 0.17 |
mshA | 576147 | p.Val267Glu | missense_variant | 0.17 |
ccsA | 620625 | p.Ile245Met | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 759780 | c.-27_-26insCG | upstream_gene_variant | 0.2 |
rpoB | 760706 | c.900C>T | synonymous_variant | 0.2 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 763555 | c.186C>T | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 766456 | c.3087C>A | synonymous_variant | 0.4 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776182 | p.Asp767Asn | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776454 | p.Met676Thr | missense_variant | 0.22 |
mmpS5 | 778979 | c.-74G>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
mmpR5 | 779005 | p.Gly6Trp | missense_variant | 0.33 |
mmpR5 | 779348 | c.363delG | frameshift_variant | 0.13 |
mmpS5 | 779615 | c.-710C>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rplC | 801275 | p.Thr156Lys | missense_variant | 0.29 |
fbiC | 1304911 | p.Leu661Met | missense_variant | 0.12 |
Rv1258c | 1406760 | c.580_581insC | frameshift_variant | 1.0 |
embR | 1416623 | p.Asp242Val | missense_variant | 0.5 |
embR | 1416629 | c.713_718delACCTCG | disruptive_inframe_deletion | 0.5 |
atpE | 1460949 | c.-96_-95insT | upstream_gene_variant | 0.29 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471896 | n.51T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1471900 | n.55C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472102 | n.257G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472106 | n.261G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472112 | n.267C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472113 | n.268T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrs | 1472127 | n.282C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1472129 | n.284G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrs | 1472137 | n.292G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrs | 1472151 | n.306C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrs | 1472203 | n.358G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1472210 | n.365A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrs | 1472213 | n.368G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1472222 | n.377G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472225 | n.380C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472229 | n.384C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1472236 | n.391C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1472240 | n.395G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1472253 | n.408G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472259 | n.414C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472344 | n.499C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472378 | n.533G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472379 | n.534T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472382 | n.537G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472400 | n.555C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472507 | n.662C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472517 | n.672T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472518 | n.673G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrs | 1472541 | n.696T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrs | 1472544 | n.699C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrs | 1472557 | n.712G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.84 |
rrs | 1472570 | n.725G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrs | 1472579 | n.734G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrs | 1472658 | n.813G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrs | 1472661 | n.816A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrs | 1472665 | n.820G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrs | 1472669 | n.824_825insTAGG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrs | 1472695 | n.850C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrs | 1472697 | n.852T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrs | 1472734 | n.889C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.78 |
rrs | 1472741 | n.896G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.85 |
rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.78 |
rrs | 1472827 | n.982G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1472828 | n.983T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1472836 | n.991G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 |
rrs | 1472859 | n.1014_1015insA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 |
rrs | 1472863 | n.1018T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrs | 1472873 | n.1028C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.66 |
rrs | 1472875 | n.1030T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1472877 | n.1032T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1472880 | n.1035_1036insA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.78 |
rrs | 1472953 | n.1108_1109insA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1472958 | n.1114delT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1472969 | n.1125_1126delCG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.66 |
rrs | 1472977 | n.1132G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 |
rrs | 1472982 | n.1137G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 |
rrs | 1473002 | n.1157G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1473004 | n.1159T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1473008 | n.1163C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1473009 | n.1164T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrs | 1473053 | n.1208T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.85 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrs | 1473062 | n.1217T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 |
rrs | 1473068 | n.1223A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrs | 1473080 | n.1235C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.85 |
rrs | 1473082 | n.1237G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrs | 1473084 | n.1239T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrs | 1473094 | n.1249T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrs | 1473099 | n.1254T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrs | 1473115 | n.1270G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.85 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrs | 1473122 | n.1277T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrs | 1473123 | n.1278A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrs | 1473127 | n.1282G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrs | 1473129 | n.1284C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrs | 1473131 | n.1286G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrs | 1473147 | n.1302G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrs | 1473148 | n.1303G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.84 |
rrs | 1473163 | n.1318C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.84 |
rrs | 1473164 | n.1319C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.84 |
rrs | 1473172 | n.1327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrs | 1473173 | n.1328C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrs | 1473177 | n.1332G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 |
rrs | 1473192 | n.1347A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 |
rrs | 1473205 | n.1360T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrs | 1473248 | n.1403G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1473249 | n.1404T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1473252 | n.1407T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1473255 | n.1410A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1473259 | n.1414C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1473260 | n.1415G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1473274 | n.1429C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1473276 | n.1431A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1473280 | n.1435G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrs | 1473281 | n.1436C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1473282 | n.1437C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1473290 | n.1445C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrs | 1473291 | n.1446G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrs | 1473296 | n.1451G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1473297 | n.1452G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1473301 | n.1456T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1473303 | n.1458T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1473315 | n.1470T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1473316 | n.1471C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1473318 | n.1473G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1473319 | n.1474C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1473327 | n.1482A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1473328 | n.1483C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1473352 | n.1507C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrl | 1473414 | n.-244G>T | upstream_gene_variant | 0.2 |
rrl | 1473480 | n.-178C>T | upstream_gene_variant | 0.29 |
rrl | 1474747 | n.1090C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1474753 | n.1097delC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1474777 | n.1120T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1474782 | n.1125G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1474790 | n.1133C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1474794 | n.1137C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1474797 | n.1140_1141insTATA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1474800 | n.1144_1147delGTGC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1474812 | n.1155G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1474823 | n.1166C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1474827 | n.1170C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1474830 | n.1173A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1474831 | n.1174A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1474844 | n.1187G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrl | 1474866 | n.1209C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrl | 1474869 | n.1212G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrl | 1474896 | n.1239A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrl | 1474902 | n.1245T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrl | 1474904 | n.1247G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrl | 1474913 | n.1256T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1474920 | n.1263G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1475687 | n.2030C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1475688 | n.2031G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1475696 | n.2039T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1475699 | n.2042C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1475703 | n.2046A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1475707 | n.2050T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1475713 | n.2056C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475716 | n.2059A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrl | 1475767 | n.2110G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1475803 | n.2146T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1475804 | n.2147G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrl | 1475816 | n.2159C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1475817 | n.2160A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrl | 1475858 | n.2201T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1475866 | n.2209T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1475875 | n.2219delA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476131 | n.2474C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476135 | n.2478T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476141 | n.2484A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476153 | n.2496T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrl | 1476165 | n.2508T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrl | 1476194 | n.2537A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476195 | n.2538C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476196 | n.2539C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476200 | n.2543A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476201 | n.2544C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476204 | n.2547C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476210 | n.2553G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 |
rrl | 1476211 | n.2554G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 |
rrl | 1476212 | n.2555T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 |
rrl | 1476214 | n.2557G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrl | 1476215 | n.2558C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 |
rrl | 1476225 | n.2568T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrl | 1476251 | n.2594T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476280 | n.2623A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476293 | n.2636C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476294 | n.2637A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476295 | n.2638C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476296 | n.2639C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476297 | n.2640C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476301 | n.2644A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476302 | n.2645G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476311 | n.2654G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476312 | n.2655T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476313 | n.2656G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476332 | n.2675G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrl | 1476353 | n.2696G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476372 | n.2715T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476383 | n.2726T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrl | 1476408 | n.2751G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476425 | n.2768G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.97 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrl | 1476514 | n.2857C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrl | 1476519 | n.2862C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrl | 1476523 | n.2866T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrl | 1476524 | n.2867C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrl | 1476525 | n.2868A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrl | 1476530 | n.2873C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrl | 1476536 | n.2879G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476537 | n.2880A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrl | 1476538 | n.2881A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrl | 1476540 | n.2883C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrl | 1476547 | n.2890C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476567 | n.2910C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrl | 1476573 | n.2916A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrl | 1476577 | n.2920T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrl | 1476584 | n.2927C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.87 |
rrl | 1476594 | n.2937C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrl | 1476596 | n.2939C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrl | 1476601 | n.2944G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.8 |
rrl | 1476607 | n.2950C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.77 |
rrl | 1476614 | n.2957A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1476619 | n.2962C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrl | 1476621 | n.2964C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrl | 1476624 | n.2967T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrl | 1476628 | n.2971T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrl | 1476630 | n.2973A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrl | 1476637 | n.2980C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrl | 1476638 | n.2981C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.61 |
rrl | 1476656 | n.2999G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
fabG1 | 1673348 | c.-92A>C | upstream_gene_variant | 0.14 |
rpsA | 1834177 | c.636A>C | synonymous_variant | 1.0 |
rpsA | 1834199 | p.Val220Ile | missense_variant | 0.2 |
rpsA | 1834229 | c.692_693dupTG | frameshift_variant | 0.2 |
rpsA | 1834406 | p.Arg289Ser | missense_variant | 0.15 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
ndh | 2102647 | c.396C>T | synonymous_variant | 0.22 |
katG | 2154724 | p.Arg463Leu | missense_variant | 1.0 |
katG | 2155946 | p.Asp56Tyr | missense_variant | 0.15 |
PPE35 | 2167926 | p.Leu896Ser | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2168912 | c.1701G>A | synonymous_variant | 0.14 |
PPE35 | 2169194 | c.1419C>T | synonymous_variant | 0.17 |
PPE35 | 2170048 | p.Leu189Val | missense_variant | 0.15 |
PPE35 | 2170053 | p.Thr187Ser | missense_variant | 0.18 |
PPE35 | 2170211 | c.402G>A | synonymous_variant | 0.4 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
pncA | 2288770 | p.Asp158Tyr | missense_variant | 0.15 |
pncA | 2289424 | c.-183C>G | upstream_gene_variant | 0.22 |
pncA | 2289584 | c.-343A>G | upstream_gene_variant | 0.18 |
pncA | 2289752 | c.-511G>A | upstream_gene_variant | 0.15 |
kasA | 2518333 | c.219C>T | synonymous_variant | 0.22 |
eis | 2714647 | p.Asp229Gly | missense_variant | 0.18 |
ahpC | 2726072 | c.-121A>G | upstream_gene_variant | 0.2 |
ahpC | 2726318 | c.126A>G | synonymous_variant | 0.33 |
pepQ | 2859449 | p.Val324Met | missense_variant | 0.4 |
pepQ | 2860517 | c.-99C>A | upstream_gene_variant | 0.25 |
ribD | 2987073 | p.Asp79Asn | missense_variant | 0.29 |
Rv2752c | 3067047 | c.-856T>C | upstream_gene_variant | 0.12 |
thyX | 3067474 | p.Pro158Ser | missense_variant | 0.4 |
thyX | 3067621 | p.Val109Ile | missense_variant | 0.33 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3087708 | c.891_892delCG | frameshift_variant | 0.18 |
ald | 3087898 | p.Gly360Val | missense_variant | 0.17 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB7 | 3568620 | p.Cys20Trp | missense_variant | 0.29 |
whiB7 | 3568661 | p.Pro7Ser | missense_variant | 0.22 |
Rv3236c | 3612813 | p.Thr102Ala | missense_variant | 1.0 |
rpoA | 3878306 | p.Gly68Trp | missense_variant | 0.2 |
rpoA | 3878365 | p.Gly48Val | missense_variant | 0.33 |
clpC1 | 4038396 | c.2308dupG | frameshift_variant | 0.22 |
clpC1 | 4038730 | p.Asn659Tyr | missense_variant | 0.15 |
clpC1 | 4039517 | c.1188C>A | synonymous_variant | 0.14 |
panD | 4044034 | c.247dupG | frameshift_variant | 0.22 |
embC | 4242095 | c.2235delC | frameshift_variant | 1.0 |
embA | 4243159 | c.-73_-72delCA | upstream_gene_variant | 0.29 |
embA | 4243460 | c.228C>T | synonymous_variant | 1.0 |
embA | 4245426 | p.Ser732Gly | missense_variant | 0.15 |
embA | 4245920 | p.Trp896Cys | missense_variant | 0.18 |
embA | 4246354 | p.Thr1041Lys | missense_variant | 0.33 |
embB | 4246955 | p.Ile148Val | missense_variant | 0.17 |
embB | 4247695 | c.1182G>A | synonymous_variant | 0.29 |
embB | 4249055 | p.Tyr848His | missense_variant | 0.29 |
aftB | 4267171 | p.Gln556Lys | missense_variant | 0.25 |
aftB | 4267647 | p.Asp397Gly | missense_variant | 1.0 |
aftB | 4267860 | p.Trp326* | stop_gained | 0.4 |
ethA | 4326536 | p.Val313Ala | missense_variant | 0.22 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4407588 | c.615A>G | synonymous_variant | 1.0 |
gid | 4407927 | p.Glu92Asp | missense_variant | 1.0 |
gid | 4408237 | c.-36delA | upstream_gene_variant | 0.15 |