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Run: ERR10796576
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Run ID: ERR10796576

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:11:49

Number of reads: 29764

Percentage reads mapped: 99.88

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761127 p.Ser441Ala missense_variant 1.0 rifampicin
rpoB 762089 p.Glu761Asp missense_variant 1.0 rifampicin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpoB 761060 c.1254C>G synonymous_variant 0.67
rpoB 761088 c.1282_1283delAGinsTC synonymous_variant 1.0
rpoB 761096 c.1290G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 1.0
rpoC 762887 c.-483G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762896 c.-474G>C upstream_gene_variant 0.5
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 0.5
rpoC 762926 c.-444C>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762932 c.-438G>C upstream_gene_variant 0.5
rpoC 762938 c.-432G>C upstream_gene_variant 0.5
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.5
rpoC 762947 c.-423C>G upstream_gene_variant 0.5
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.5
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762995 c.-375G>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 1.0
rpoB 763017 p.Gln1071Glu missense_variant 1.0
rpoC 763022 c.-348C>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472330 n.485G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472875 n.1030T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473284 n.1439A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
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