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Run: ERR4820193
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Run ID: ERR4820193

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:32:16

Number of reads: 1542063

Percentage reads mapped: 94.04

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 7127 p.Val630Ile missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576751 p.Lys468Asn missense_variant 0.2
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.98
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1471925 n.80_81insGCAGCTTG non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1471928 n.83T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1471930 n.88_89delGA non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1471978 n.133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1471996 n.151C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472278 n.433C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472279 n.434T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472286 n.441C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472328 n.483G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472330 n.485G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472461 n.616G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472685 n.840G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472686 n.841G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472837 n.992C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472841 n.996G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472844 n.999_1000insAG non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472847 n.1004_1005delCT non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472974 n.1129A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472977 n.1133dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473099 n.1254T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473285 n.1442_1443delCC non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473293 n.1448G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474182 n.525C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474183 n.526T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474185 n.529delA non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474311 n.654_655insT non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474390 n.733C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474447 n.790G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474451 n.794T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474498 n.841G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474505 n.848C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474507 n.850G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474921 n.1264C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1475026 n.1369G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475031 n.1374G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476262 n.2605G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476298 n.2641C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
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