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Run: SRR11871419
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Run ID: SRR11871419

Sample name:

Date: 03-04-2023 05:22:31

Number of reads: 488667

Percentage reads mapped: 34.51

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7582 p.Asp94Gly missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
rrs 1473246 n.1401A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2289031 p.His71Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
embB 4247429 p.Met306Val missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764714 p.Leu449Val missense_variant 1.0
rpoC 766645 p.Glu1092Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472574 n.729T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472669 n.824_825insTAG non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472677 n.832C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472679 n.834_835insAC non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472684 n.841_846delGATCCG non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472708 n.863T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472838 n.993A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472841 n.996G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472845 n.1000G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472846 n.1001C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472849 n.1004C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472858 n.1013G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472859 n.1014G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472864 n.1019C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472869 n.1024G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472870 n.1025T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472876 n.1032delT non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472879 n.1034T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472880 n.1035_1036insAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472953 n.1109_1112delTCTC non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472970 n.1126delG non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472975 n.1130T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472991 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472992 n.1147A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473101 n.1256C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473102 n.1257C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473107 n.1262G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473108 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475672 n.2015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475687 n.2030C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475751 n.2094C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475756 n.2100_2101insGGGGCA non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475761 n.2106_2113delCAAGGGTG non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475782 n.2125T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
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rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
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rrl 1476181 n.2524A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
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rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476246 n.2589G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476252 n.2595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
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