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Run: SRR2101803

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Run ID: SRR2101803

Sample name:

Date: 03-04-2023 23:55:21

Number of reads: 365461

Percentage reads mapped: 64.26

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Sensitive


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 0.98
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6290 c.1051C>A synonymous_variant 0.13
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 0.95
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490658 c.-125A>T upstream_gene_variant 0.13
fgd1 491612 p.Ile277Asn missense_variant 0.18
mshA 576266 p.Ala307Ser missense_variant 0.15
ccsA 619787 c.-103_-101delGGG upstream_gene_variant 0.12
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 767130 p.Ile1254Thr missense_variant 0.14
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776913 p.Leu523Gln missense_variant 0.13
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1305472 p.Thr848Ala missense_variant 0.11
fbiC 1305496 p.Ala856Thr missense_variant 0.13
atpE 1461214 p.Val57Ala missense_variant 0.11
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472838 n.993A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472845 n.1000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472846 n.1001C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472847 n.1002G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472848 n.1003T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472859 n.1014_1015insA non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472863 n.1018T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473123 n.1278A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473127 n.1282G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474738 n.1081G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474740 n.1083G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474797 n.1140_1141insTATA non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474800 n.1144_1147delGTGC non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1475672 n.2015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475687 n.2030C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475751 n.2094C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475754 n.2097G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475774 n.2117C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrl 1475871 n.2214T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476056 n.2399G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
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rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
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rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
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rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
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rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476596 n.2939C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476601 n.2944G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476621 n.2964C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476624 n.2967T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
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