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Run: SRR6855695
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Run ID: SRR6855695

Sample name:

Date: 04-04-2023 17:42:34

Number of reads: 977775

Percentage reads mapped: 87.59

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 0.98
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mshA 576480 p.Pro378His missense_variant 0.11
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763537 c.168C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472023 n.178G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472028 n.183A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472030 n.185G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472031 n.186G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472032 n.187G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472033 n.188A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472034 n.189T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472040 n.195T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472041 n.196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472042 n.197T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472043 n.198T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472053 n.211_212delGC non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472057 n.212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472062 n.217G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472068 n.223T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472069 n.224G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472297 n.453_465delGTCCGGGTTCTCT non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472414 n.569C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472599 n.754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472686 n.841G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473696 n.39T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473698 n.41G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473699 n.42A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473717 n.60G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473731 n.74T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1473756 n.99G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473757 n.100T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473770 n.113T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473806 n.149C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473814 n.157A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1473815 n.158T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1473830 n.173T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473832 n.175C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473833 n.176_177insT non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473844 n.187C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
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rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1476088 n.2431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
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rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1476665 n.3008T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476666 n.3009C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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clpC1 4039729 p.Asp326Asn missense_variant 0.96
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Rv3083 3448497 c.-6_*1408del transcript_ablation 1.0