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Run: SRR6982427
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Run ID: SRR6982427

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:37:11

Number of reads: 1234704

Percentage reads mapped: 60.79

Strain: lineage4.1.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472669 n.824_825insTAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472837 n.992_993insTCTG non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473080 n.1235C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
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rrs 1473123 n.1278A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
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rrs 1473280 n.1435G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
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rrl 1476638 n.2981C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
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fbiA 3641447 p.Thr302Met missense_variant 1.0
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embC 4240897 c.1035C>G synonymous_variant 1.0
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embB 4247670 p.Ala386Glu missense_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0