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Run: ERR1034791
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Run ID: ERR1034791

Sample name:

Date: 18-08-2022 11:47:29

Number of reads: 101617

Percentage reads mapped: 0.35

Strain:

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761085 p.Thr427Ser missense_variant 0.96 rifampicin
rpoB 761131 p.Gly442Glu missense_variant 0.95 rifampicin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7847 c.546G>C synonymous_variant 0.36
gyrA 7850 c.549C>G synonymous_variant 0.36
gyrA 7859 c.558A>C synonymous_variant 0.91
gyrA 7863 p.Asn188Asp missense_variant 0.36
rpoB 761059 p.Val418Ala missense_variant 1.0
rpoB 761075 c.1269G>A synonymous_variant 0.96
rpoB 761084 c.1278C>T synonymous_variant 0.96
rpoB 761097 c.1291_1292delAGinsTC synonymous_variant 0.96
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.96
rpoB 761133 p.Leu443Ile missense_variant 0.95
rpoB 762185 c.2379G>T synonymous_variant 1.0
rpoB 762209 c.2403C>G synonymous_variant 0.94
rpoB 762212 c.2406G>C synonymous_variant 0.94
rpoB 762218 c.2412T>C synonymous_variant 0.94
rpoB 762221 c.2415G>A synonymous_variant 0.94
rpoB 762225 p.Glu807Gln missense_variant 0.94
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.94
rpoB 762239 c.2433G>A synonymous_variant 0.94
rpoB 762243 p.Arg813Lys missense_variant 0.94
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762266 c.2460T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762276 p.Arg824Ser missense_variant 1.0
rpoB 762888 p.His1028Asn missense_variant 0.89
rpoB 762911 p.Ile1035Met missense_variant 0.89
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.89
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.89
rpoB 762930 p.Pro1042Ser missense_variant 0.89
rpoC 762936 c.-434_-432delTCGinsAGC upstream_gene_variant 0.89
rpoB 762939 p.Met1045Leu missense_variant 0.89
rpoB 762942 p.Ile1046Val missense_variant 0.89
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.89
rpoC 762965 c.-405T>C upstream_gene_variant 0.89
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.8
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472251 n.406G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472256 n.411T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472271 n.426T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472277 n.432C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472333 n.488G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472349 n.504A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472374 n.529T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472390 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472415 n.570T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472425 n.580T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472694 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472714 n.869A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473097 n.1252G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473139 n.1294T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473193 n.1348G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473198 n.1354delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473204 n.1359C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
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rrs 1473353 n.1508C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
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rrs 1473359 n.1514G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
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rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1476383 n.2726T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476384 n.2727G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
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rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476442 n.2785T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
katG 2155655 p.Lys153Gln missense_variant 1.0
katG 2155668 p.Leu148Ile missense_variant 1.0
katG 2155691 c.421T>C synonymous_variant 1.0
katG 2155696 p.Ala139Val missense_variant 1.0
katG 2155704 c.408C>G synonymous_variant 1.0
katG 2155716 c.396T>C synonymous_variant 1.0