TB-Profiler result

Run: ERR3077969
Summary

Run ID: ERR3077969

Sample name:

Date: 01-04-2023 00:13:03

Number of reads: 2821447

Percentage reads mapped: 83.19

Strain: La1.3

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1 M.bovis None None 0.96
La1.3 M.bovis None None 0.98
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
pncA 2289073 p.His57Asp missense_variant 0.98 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 0.98
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 0.98
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 0.96
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 0.98
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 0.97
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 0.97
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764746 c.1377G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764764 c.1395T>C synonymous_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777332 c.1149G>A synonymous_variant 0.95
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 0.93
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1471996 n.151C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472671 n.826G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472687 n.842A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475997 n.2340A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476251 n.2594T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476256 n.2599A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476298 n.2641C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476309 n.2652G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476535 n.2878G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476728 n.3071T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rpsA 1834859 p.Ala440Thr missense_variant 0.94
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2103173 c.-132delG upstream_gene_variant 0.97
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 0.99
katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 0.96
katG 2156025 c.87C>A synonymous_variant 0.96
katG 2156465 c.-354C>T upstream_gene_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 0.95
PPE35 2168011 p.Ser868Arg missense_variant 1.0
PPE35 2168814 c.1798dupA frameshift_variant 0.96
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2222671 p.Thr165Met missense_variant 0.98
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 0.93
ald 3086728 c.-92C>T upstream_gene_variant 0.97
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087084 c.266delA frameshift_variant 0.94
Rv3083 3448639 p.Asp46Asn missense_variant 0.98
Rv3083 3448783 p.Val94Ile missense_variant 0.96
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474427 p.Val141Ile missense_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 0.96
rpoA 3878630 c.-124delC upstream_gene_variant 0.95
clpC1 4038403 c.2302T>C synonymous_variant 0.96
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 0.96
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4242970 c.-263C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244220 c.988C>T synonymous_variant 0.96
embB 4246551 p.Asn13Ser missense_variant 0.97
embB 4246864 c.351C>T synonymous_variant 0.99
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 0.92
aftB 4267858 p.Ile327Val missense_variant 0.98
ubiA 4268932 p.Phe301Ser missense_variant 0.96
aftB 4269351 c.-515C>T upstream_gene_variant 0.97
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 0.99
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 0.95
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0