Run ID: ERR3077969
Sample name:
Date: 01-04-2023 00:13:03
Number of reads: 2821447
Percentage reads mapped: 83.19
Strain: La1.3
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
La1 | M.bovis | None | None | 0.96 |
La1.3 | M.bovis | None | None | 0.98 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472644 | n.799C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 | streptomycin |
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
pncA | 2289073 | p.His57Asp | missense_variant | 0.98 | pyrazinamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 5752 | c.513G>A | synonymous_variant | 0.98 |
gyrA | 6406 | c.-896C>T | upstream_gene_variant | 0.98 |
gyrB | 6446 | p.Ala403Ser | missense_variant | 0.96 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 8285 | c.984C>T | synonymous_variant | 0.98 |
gyrA | 9143 | c.1842T>C | synonymous_variant | 0.97 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 0.97 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 764746 | c.1377G>C | synonymous_variant | 0.12 |
rpoC | 764764 | c.1395T>C | synonymous_variant | 0.12 |
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mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 777332 | c.1149G>A | synonymous_variant | 0.95 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiC | 1302899 | c.-32A>G | upstream_gene_variant | 0.93 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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rrs | 1471996 | n.151C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1472078 | n.233C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
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rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
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rrl | 1476728 | n.3071T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.99 |
rpsA | 1834859 | p.Ala440Thr | missense_variant | 0.94 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
ndh | 2103173 | c.-132delG | upstream_gene_variant | 0.97 |
katG | 2154724 | p.Arg463Leu | missense_variant | 0.99 |
katG | 2155503 | c.609C>T | synonymous_variant | 0.96 |
katG | 2156025 | c.87C>A | synonymous_variant | 0.96 |
katG | 2156465 | c.-354C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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PPE35 | 2168814 | c.1798dupA | frameshift_variant | 0.96 |
Rv1979c | 2222308 | p.Asp286Gly | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2222671 | p.Thr165Met | missense_variant | 0.98 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
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ald | 3086728 | c.-92C>T | upstream_gene_variant | 0.97 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3087084 | c.266delA | frameshift_variant | 0.94 |
Rv3083 | 3448639 | p.Asp46Asn | missense_variant | 0.98 |
Rv3083 | 3448783 | p.Val94Ile | missense_variant | 0.96 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3474427 | p.Val141Ile | missense_variant | 1.0 |
fprA | 3475159 | p.Asn385Asp | missense_variant | 0.96 |
rpoA | 3878630 | c.-124delC | upstream_gene_variant | 0.95 |
clpC1 | 4038403 | c.2302T>C | synonymous_variant | 0.96 |
embC | 4240671 | p.Thr270Ile | missense_variant | 0.96 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4242970 | c.-263C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4244220 | c.988C>T | synonymous_variant | 0.96 |
embB | 4246551 | p.Asn13Ser | missense_variant | 0.97 |
embB | 4246864 | c.351C>T | synonymous_variant | 0.99 |
embB | 4247646 | p.Glu378Ala | missense_variant | 0.92 |
aftB | 4267858 | p.Ile327Val | missense_variant | 0.98 |
ubiA | 4268932 | p.Phe301Ser | missense_variant | 0.96 |
aftB | 4269351 | c.-515C>T | upstream_gene_variant | 0.97 |
ubiA | 4269387 | p.Glu149Asp | missense_variant | 0.99 |
aftB | 4269606 | c.-770T>C | upstream_gene_variant | 0.95 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4407588 | c.615A>G | synonymous_variant | 1.0 |