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Run: ERR4818050
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Run ID: ERR4818050

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:20:24

Number of reads: 942550

Percentage reads mapped: 88.33

Strain: lineage4.6.2.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 1.0
lineage4.6.2 Euro-American T;LAM RD726 1.0
lineage4.6.2.2 Euro-American (Cameroon) LAM10-CAM RD726 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.38
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.19
rpoC 764623 c.1254C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.18
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764664 p.Val432Gly missense_variant 0.1
rpoC 764671 c.1302G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764703 p.Lys445Ser missense_variant 0.1
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.18
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764731 c.1362G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764737 c.1368G>T synonymous_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpR5 778298 c.-692C>T upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472274 n.429A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473270 n.1425G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473281 n.1436_1437insT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473304 n.1459C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473305 n.1460G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473317 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.15
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474282 n.625G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474287 n.630T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474288 n.631C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474289 n.632C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474293 n.637_647delCCTCTCCGGAG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474306 n.649A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474307 n.650G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
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rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
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rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
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rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475715 n.2058G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475761 n.2104C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475766 n.2109G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
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