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Run: SRR6896340
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Run ID: SRR6896340

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:02:56

Number of reads: 276478

Percentage reads mapped: 16.4

Strain: lineage4.4.1.1

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 0.99
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 1.0
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
katG 2155276 p.Gly279Asp missense_variant 0.18 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6426 p.Phe396Tyr missense_variant 0.13
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7851 p.Gly184Cys missense_variant 0.2
gyrA 9094 c.1797_1804delGTTAGCCT frameshift_variant 0.15
gyrA 9138 p.Gln613Glu missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490738 c.-45C>T upstream_gene_variant 0.15
rpoB 759709 c.-98C>A upstream_gene_variant 0.18
rpoB 761325 p.Glu507* stop_gained 0.18
rpoB 761526 p.Asp574Tyr missense_variant 0.17
rpoC 763332 c.-38C>A upstream_gene_variant 0.13
rpoC 765288 p.Leu640Gln missense_variant 0.13
rpoC 767145 p.Pro1259Gln missense_variant 0.14
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777416 c.1065G>T synonymous_variant 0.93
mmpR5 779275 c.288delG frameshift_variant 0.13
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304288 p.Ile453Asn missense_variant 0.13
fbiC 1304302 p.Arg458Ser missense_variant 0.18
fbiC 1304968 p.Leu680Met missense_variant 0.12
embR 1416734 c.612_613delGG frameshift_variant 0.13
embR 1416743 p.Pro202His missense_variant 0.13
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472501 n.656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472838 n.993A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472845 n.1000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472846 n.1001C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472847 n.1002G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472848 n.1003T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472859 n.1014_1015insA non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472863 n.1018T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
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rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
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rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
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rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
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rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
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rrs 1473274 n.1429C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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rrs 1473280 n.1435G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
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rrs 1473291 n.1446G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
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rrs 1473303 n.1458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
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rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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