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Run: SRR6982138
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Run ID: SRR6982138

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:28:24

Number of reads: 110325

Percentage reads mapped: 7.48

Strain: lineage4

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8289 p.Asn330Asp missense_variant 0.2
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491357 p.Phe192Cys missense_variant 1.0
fgd1 491504 p.Leu241Pro missense_variant 0.33
rpoB 761918 c.2112C>T synonymous_variant 0.22
rpoB 762973 p.Gln1056Arg missense_variant 0.2
rpoC 763665 p.Ala99Val missense_variant 0.18
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 765501 p.Gln711Arg missense_variant 0.67
rpoC 766285 c.2916C>A synonymous_variant 0.67
mmpL5 775931 c.2549delA frameshift_variant 0.4
mmpL5 777693 c.787delA frameshift_variant 0.67
mmpL5 777812 c.669C>T synonymous_variant 0.5
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781435 c.-125G>C upstream_gene_variant 0.83
rpsL 781494 c.-66G>A upstream_gene_variant 0.4
rpsL 781623 p.Ala22Ser missense_variant 0.67
rplC 800747 c.-62C>A upstream_gene_variant 0.29
fbiC 1303150 p.Gly74Cys missense_variant 0.33
embR 1416518 p.Leu277Pro missense_variant 0.4
embR 1416673 c.675G>A synonymous_variant 0.5
embR 1416728 p.Leu207Pro missense_variant 0.25
embR 1417477 c.-130C>T upstream_gene_variant 0.15
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
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rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
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rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472846 n.1002delG non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472851 n.1006A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
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rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
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rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
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