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Run: SRR6982362

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Run ID: SRR6982362

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:35:09

Number of reads: 264368

Percentage reads mapped: 29.51

Strain: lineage4.3.2.1

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.2 Euro-American (LAM) LAM3 None 1.0
lineage4.3.2.1 Euro-American (LAM) LAM3 RD761 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
embB 4247495 p.Asp328Tyr missense_variant 0.18 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5520 p.Pro94Leu missense_variant 1.0
gyrA 6649 c.-653T>C upstream_gene_variant 0.11
gyrA 7222 c.-80C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764271 p.Ala301Glu missense_variant 0.13
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 765086 p.Pro573Thr missense_variant 0.14
rpoC 765657 p.Gly763Val missense_variant 0.14
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777336 p.Val382Ala missense_variant 0.22
mmpS5 778629 p.Lys93Glu missense_variant 0.11
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800640 c.-169A>T upstream_gene_variant 0.2
embR 1416724 p.Trp208Cys missense_variant 0.2
embR 1417285 p.Met21Ile missense_variant 0.2
atpE 1461146 c.102G>T synonymous_variant 0.12
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471850 n.5G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472337 n.492C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472669 n.824_825insTGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472835 n.991delG non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472838 n.993A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472841 n.996G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472845 n.1000G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472846 n.1001C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472847 n.1002G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472848 n.1003T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472851 n.1006A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472856 n.1011T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472866 n.1021C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472877 n.1032T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472954 n.1109T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472992 n.1147A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473002 n.1157G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473008 n.1163C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473097 n.1252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473102 n.1257C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473127 n.1282G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473204 n.1359C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1473795 n.138G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474236 n.579G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474797 n.1140_1141insTATA non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474800 n.1144_1147delGTGC non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
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