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Run: ERR9117740
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Run ID: ERR9117740

Sample name:

Date: 02-04-2023 09:29:58

Number of reads: 1100942

Percentage reads mapped: 42.6

Strain: lineage3.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.1 East-African-Indian CAS1-Kili RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762114 p.Ile770Val missense_variant 0.12
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762854 c.-516G>C upstream_gene_variant 0.14
rpoB 762855 p.Val1017Ile missense_variant 0.14
rpoB 762858 p.Thr1018Ser missense_variant 0.14
rpoC 762863 c.-507T>G upstream_gene_variant 0.13
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.12
rpoC 762887 c.-483G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762896 c.-474G>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762926 c.-444C>G upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.16
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304826 c.1900delT frameshift_variant 0.12
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472181 n.336G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472380 n.535G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472431 n.586G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472969 n.1125C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472977 n.1132G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
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rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474356 n.699T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474359 n.702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474363 n.706A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474365 n.708G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474384 n.727C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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